как сконвертировать к примеру данные 2001 г
скопировать все *.h, *.d, *.p файлы в C:\sort\
скопировать туда же файлы 
CHOOSET.EXE
CONV_AUT.EXE
SORTDOSU.EXE

создать каталоги

mkdir obs_02
mkdir obs_03
mkdir obs_04
mkdir obs_05
mkdir obs_06
mkdir obs_08
mkdir obs_09
mkdir obs_10
mkdir obs_11
mkdir obs_12
mkdir obs_07
mkdir obs_01\out
mkdir obs_02\out
mkdir obs_03\out
mkdir obs_04\out
mkdir obs_05\out
mkdir obs_06\out
mkdir obs_08\out
mkdir obs_09\out
mkdir obs_10\out
mkdir obs_11\out
mkdir obs_12\out
mkdir obs_07\out
mkdir obs_01\out

запустить конвертацию *.h в *.0hd

for /L %%a in (1 1 9) do (
for %%c in (20010%%a*.?h) do (
c:\sort\sortdosu.exe %%c
echo %%c
c:\sort\conv_aut.exe c:\sort\%%c c:\sort\obs_0%%a
)
)
for /L %%a in (10 1 12) do (
for %%c in (2001%%a*.?h) do (
c:\sort\sortdosu.exe %%c
c:\sort\conv_aut.exe c:\sort\%%c c:\sort\obs_%%a

)
)

затем запустить конвертацию в фитс и создание картинок:
c:\progra~1\workscan\scanwrk.exe -pk out_0101.pkf:

[Init]
AppHide=1
AppExit=1
OutFile=MyLog.txt
OutPrefix=
FileMask=*.0hd
InDir=c:\sort\obs_01\
OutDir=c:\sort\obs_01\out


[Files]
file1.wsf
file2.fit
file3.0hd

[Commands]
FlagAllScan=1
IVtoRL=1
FindScanGreatGHz=13.400
;CalcCenterVscan=1
CopyWorkSheetToData
FlagAllScan=0
FindScanGHz=00.955
+MoveScan=-100
;+Scan*N=-1
FindScanGHz=00.985
+MoveScan=-100
;+Scan*N=-1
FindScanGHz=01.015
+MoveScan=-100
+Scan*N=-1
FindScanGHz=01.045
+MoveScan=-100
;+Scan*N=-1
FlagAllScan=1
FindScanGreatGHz=4
CalibrQuietSunTa
CopyWorkSheetToData
ViewWorkI=1
ViewWorkV=0
ViewCenterSun=1
ViewDigitFrame=1
XScanList=1
SetRangeRSun=-2.5 2.5
SaveWorkSheet=0 0 0
SaveWorkSheet=0 1 0
ViewScansGroup=1 3 # 01.670 01.760 01.860 01.950 01.95
ViewRangeGroup=3 0.955 18.670
FindScanGHz=00.955
+ViewRangeGroup=3 0.955 18.45
ExportPicture=500 400 3 0 #%sGI.wmf
;CalcSurf3D=2 1 1 1 #_I.bmp
ViewWorkI=0
ViewWorkV=1
ExportPicture=500 400 3 2 #%sGV.wmf
;CalcSurf3D=2 1 1 1 #_V.bmp